自元朝建都北京后，及至明、清两朝，历时700余年，北京日益繁荣，王公、贵族、达官、巨贾云集于此，因此，在中国清真菜的三种风味中，北京清真菜的发展最为明显。
元朝末年，在农民起义军的回族兵营中出了一位出类拔萃的梁姓厨师。他技艺高超，凡官兵婚丧嫁娶的烹调事宜皆由他主理。他还帮助老百姓办理家庭清真筵席。甚至连明朝皇帝也对他倍加赞许，赐予他“大顺堂梁”的美称。以后，他在军中又收了不少徒弟，传授烹调技艺。待大多数厨师退役，就形成了北京的清真厨行。经过漫长的岁月，到了清代中期，北京清真餐馆相继开设。尤其是京沈、京汉两条铁路修通以后，在客商云集的北京前门外商业区和军政官府所在地的附近，相继出现不少有名饭庄。全国各地风味大都汇集北京，北京清真餐馆应时而兴。在众多的清真菜馆中，就其经营风味，大致分为两派：一派是以“通州小楼”、“同和轩”、“东来顺”为代表的东派；一派是以“两益轩”、“西来顺”为代表的西派。两派在菜点工艺上、经营上都有其特点。东派菜以大汁大芡、红汁芡为多，以小炒闻名，具有乡土气息。西派菜以精美、典雅、白汁芡见长，多以烧扒菜著名，具有都市大菜特色。两派互相学习，取长补短，推动了清真菜的发展、交流和融合，形成北京菜中一支重要流派——伊斯兰京菜。
在北京清真菜的发展中，一代名师褚连祥作出了不可磨灭的贡献。本世纪三四十年代，他引进了不少地方风味名菜及汉族烹调技法。在他的带领下，清真菜馆扩大了选料范围，改变过去不卖山珍海味的做法，增加了鱼肚、鱼骨、鱼唇、燕窝、海参、海蜇等多种原料制作的菜肴，使清真菜前进了一大步，发展到上百种风味名菜。诸如生扒羊肉、焦熘肉片、它似蜜、油爆肚仁、盐爆散丹、扒三白、杏干里脊、炸羊尾、炒甘肃鸡、扒海羊、松鼠鱼、炮糊等，给我国饮食文化的宝库增添了异彩。
新中国成立后，北京回族人民同全国人民一样，政治上翻了身，生活得到了改善，对饮食的要求提高了；加上清真菜受到各民族广大群众的喜爱，从而大大促进了清真菜的发展。许多厨师为振兴清真菜作出了贡献，其中以已故全国劳动模范、特级烹饪师杨永和为代表。他从事清真菜烹调几十年，并一度在清真同义番菜馆工作（番菜是旧时京人对西餐的称谓）。他将西餐一些品种引进到清真菜中。如：炸卧虎饼，原为德国小点心，由德国天主教士汤若望在明朝时传入北京，皇宫称其为西洋饼。此饼分烤、炸两法，烤法后演变为伏苓夹饼，炸法仍叫卧虎饼。杨永和将此点引进到“又一顺”饭庄，后来发展为北京清真名菜。此外，他还引进、创造了西餐清真沙拉子、炒菠萝饭等多种菜点，真可谓中西合璧之佳作。
综上所述，北京清真菜起源于唐宋，形成于清代，发展于本世纪三四十年代，振兴于当代。目前，北京清真菜在改革创新方面，已蔚然成风。