前已指出，远在南北朝后期，随着汉族佛教徒“吃素”，极大地推动了素菜的发展，出现了寺院菜。同时，素菜的流入宫廷，向强调调料和原料的名贵化发展而出现了宫廷素菜。寺院菜、宫廷素菜与仍活跃于民间市肆的民间素菜，逐渐形成了中国素菜的三大派系。这三派的分野，在清朝四大地方菜系成熟时期以前，就已成为定局。
自南北朝以来，素菜的这三大流派，一直为两大发展方向所左右，并影响到各流派的特点。这两大方向就是：以寺院菜为代表的“全素”菜和民间素菜的“以荤托素”菜。历代帝王往往对“以荤托素”最感兴趣，但也不乏信奉佛教的皇帝，崇尚“全素”菜。
“全素”与“以荤托素”，既然成为差距甚大的发展方向，于是对什么是素菜，不免发生激烈的争论。争论的焦点集中在鸡蛋和葱蒜上。最正统的寺院菜是既排斥鸡蛋，也排斥葱蒜的。香港佛莹法师在《素食营养之研究》一书中，激烈表示：“蛋卵之来源极为不净，且其气分腥臭，何素之有？”，而民间素菜派则认为，鸡蛋属“素”，食之无妨，最多也就是除掉受精鸡蛋；未受精鸡蛋理应称为“素蛋”。这一派甚至主张，蚝豉、淡菜、海参、乳类制品皆应入素菜。
“全素”派与“以荤托素”派的另一争执在调料上。寺院派认为，应遵循佛家的把大蒜、小蒜、兴渠（又名阿魏）、慈葱（即葱）、茖葱（即薤，俗称藠头）列为禁食的“五荤”。在这方面，道教有着类似的主张，即把韭、薤、蒜、芸苔（油菜的一种）、胡荽（即芫荽）列为“五荤”，属道家素食禁食之列。“以荤托素”派则对上述主张有不同程度的突破，把佛家禁忌的“五荤”列为素食调料。特别是仿荤菜，发展最快。例如清人袁枚的《随园食单·杂素菜单》中，就有一个用山药、腐皮做成的“素烧鹅”的菜。至于近代，仿荤菜更成为素菜烹饪的一种时尚。
近百年来，特别是近二、三十年，由于从科学角度重新认识了素菜，对素菜的高蛋白、低脂肪和保有多种维生素成份，得到很高的评价和深受人们的喜爱，使素菜发展又拓宽了前景。现在，除了寺院派仍保持“全素”特色外，民间素菜和流传下来的宫廷素菜系，均向营养菜方向发展，从营养角度考虑，往往除注意爆炒外（不破坏维生素），就是加入鸡蛋等物；为了美味，更打破了调料上的禁忌。当今的素菜，已难以区分宫廷素菜和民间素菜，而成仿荤菜；因寺院和僧众数量的减少，寺院全素菜影响面也缩小，但仍对僧众和受其影响的居民，有着很大的影响。所以，今天的素菜正是沿着这两个方向，形成为两个派系，即“全素”菜和仿荤素菜。