卤味原料的整理加工，是做好卤味菜肴的重要一环。原料的整理加工一般有洗涤、分档、刀工等几道工序，这些工序的优劣对卤味成品的质量有一定影响。
洗涤不光是对原料冲洗一下就完了，它还包括一些技术性要求。如植物原料，先要择剔、刮削，然后再洗涤，动物原料先要宰杀、烫泡、去下杂后再洗涤，干货原料要涨发后再漂洗等等，这些都必须按一定的要求来操作。有些特殊的原料，如污秽味重的家畜头脚、内脏等，它们的整理加工要求更高。
家畜原料的加工比较讲究，必须利用多种技术手段来完成。如猪头的初步加工，要先将其放在清水中浸泡半天至一天，再用火燎掉头上的毛，刮净猪耳、嘴、鼻孔的污物和粘液，使之不留一点污秽，外表洁白清爽，这样卤出来的成品味道才好。猪舌的初步加工是，先将原料放在开水里略加浸泡，再用小刀刮去舌上的白苔，然后洗涤干净，方能入锅卤制。猪心的初步加工，先在猪心中间划一刀口，挤出血污，再洗涤干净，然后入锅。猪肺的初步加工，要将猪肺的气管套在水龙头上，开阀灌水，同时用手轻打肺叶，使肺内每根细管进入清水，然后倒出再灌，反复几次，才能把肺内血污洗净，使之白净透亮。猪肝的初步加工，要把附在肝上的胆囊摘除，防止胆囊破裂，污染肝叶。猪爪的初步加工，先用火燎毛，再刮净蹄趾间的黑皮，打掉趾壳，洗涤干净。猪肚、猪肠的初步加工，因其粘液重、污秽大，先要清除附着的油脂、污物、粪便，再下冷水锅上火略烧，倒出加盐、醋反复搓捏，再用清水漂洗，猪肚还要用小刀刮去肚口白衣，方可入锅卤制。
原料分档取料是整理加工的另一项内容。卤牛肉，要使其味透里肌、上色均匀，便要将大块牛肉分割成每块500克左右的小块，再入锅卤制，否则大块原料既不易成熟，又不易上色入味。卤肋排，要将原料剁成6.5厘米见方的块。卤猪头肉，猪头应劈成两半，先从脑门划一道刀口，再从下颔骨缝中用刀跟一劈两开。卤青鱼，应先将鱼剁去鱼头、鱼尾，掏尽肚腹，用中段部分卤制。当然也有部分卤味菜肴用整只、整条、整块卤制，不需分档，如鸡、鸭、蹄爪、内脏等。还有一些原料为了卤制效果更好，采用一些特殊手法，如兰花豆腐干，先剞上花纹，入油锅炸后再卤制；卤鸡蛋，先将鸡蛋连壳煮熟，取出剥去蛋壳，用刀在鸡蛋上均匀地划上几道间距、深浅一致的刀纹，再入锅卤制，使成品色泽红亮、味及内外。